巴克图工业园区设置党政两个处级机构，属兵团第九师直属事业单位，两个机构分别是：
中共新疆兵团第九师委员会派出机构----中共第九师巴克图工业园区工作委员会
新疆兵团第九师派出机构----第九师巴克图工业园区管理委员会

党工委下设3个党支部：
机关党支部、企业党支部、综合服务公司党支部

管委会下设4个科级机构
办公室、投资服务促进局、规划建设局、财务局?

管委会会直属企业1个
塔城市巴克图工业园区综合服务有限公司